40 özgün veri analizi vakası

Vaka A — Tek noktadan inhibitör mekanizması çıkarılabilir mi?

Bir araştırmacı, A enziminin kontrol koşullarında Km=4 mM ve Vmax=96 nmol/dk değerlerine sahip olduğunu ölçüyor. İnhibitörün olduğu koşulda yalnız [S]=4 mM için hız 24 nmol/dk bulunuyor.

A1. Kontrolde [S]=4 mM için beklenen hızı hesaplayınız.

A2. Ölçülen hızın yarıya düşmesi, inhibitörün mutlaka saf nonkompetitif olduğunu kanıtlar mı?

A3. [S]=40 mM için iki modelin hızlarını karşılaştırınız.

A4. Enzim aktivitesinde azalma görüldüğünde hangi iki alternatif açıklama önce sınanmalıdır?

Vaka B — Gen haritası ile fiziksel haritayı neden ayırıyoruz?

Bir test çaprazlamasında üç gen için 1000 yavru sayılmış: ABC=360, abc=340, Abc=75, aBC=65, ABc=70, abC=70, AbC=10, aBc=10.

B1. En kuvvetli gen sırası nedir?

B2. Komşu gen aralıklarının cM değerlerini bulunuz.

B3. Doğrudan A–C rekombinasyon frekansı kaçtır? Neden harita toplamından düşük?

B4. Bağımsız aralık varsayımı altında beklenen çift olay sayısını ve girişimi hesaplayınız.

Vaka C — qPCR ile protein miktarı aynı şey midir?

İki bağımsız biyolojik grubun RT-qPCR verileri şöyledir: kontrol grubunda hedef Ct=26 ve referans Ct=21; uygulama grubunda hedef Ct=23 ve referans Ct=21. Amplifikasyon verimlerinin birbirine eşit ve yaklaşık %100 olduğu kabul edilsin.

C1. ΔΔCt değerini hesaplayınız.

C2. Hedefin referansa göre göreli mRNA ifadesi kaç kattır?

C3. Hücrede hedef proteinin 8 kat arttığı kesin olarak söylenebilir mi?

C4. Her koşuldan yalnız bir tüp alınmışsa sonuç istatistiksel olarak güçlü müdür?

Vaka D — Oksijen tüketimi ATP üretimini doğrudan ölçer mi?

İzole mitokondrilerde başlangıç O₂ tüketimi 100 nmol/dk ve ATP sentezi 220 nmol/dk. Oligomisin sonrası sırasıyla 18 ve 4; oligomisin + protonofor sonrası 145 ve 3 nmol/dk ölçülüyor.

D1. Oligomisin ve protonoforun farklı etkilerini açıklayınız.

D2. ATP/O₂ oranının azalması yalnız kompleks I hasarı demek midir?

D3. Protonofor eklendiğinde siyanür de varsa oksijen tüketimi aynı şekilde artar mı?

Vaka E — Su potansiyelinde derişimden daha fazlası

Bir kök hücresinin çözelti potansiyeli −0,9 MPa, turgor basıncı +0,4 MPa. Çevredeki çözeltinin su potansiyeli −0,7 MPa.

E1. Hücrenin Ψw değerini hesaplayınız.

E2. İlk anda suyun net hareket yönü?

E3. Çevreye su çıktıkça suyun akış yönü sonsuza kadar sabit kalır mı?

Vaka F — İstatistikte yalancı tekrar

Araştırmada üç kontrol ve üç tedavi akvaryumu vardır. Her akvaryumda 20 balığın solungaç hareketi ölçülüyor. Tedavi her akvaryumun suyuna uygulanıyor.

F1. Kaç bağımsız deney birimi vardır?

F2. Her grupta 60 balığı bağımsızmış gibi t testine sokmak neden sakıncalıdır?

F3. Hangi analiz yaklaşımı daha uygundur?

Vaka G — Bir dizi eşleşmesinde yüksek yüzde kimlik yeterli mi?

BLAST sonuçlarında A için %98 kimlik, %12 sorgu kapsamı, E=10⁻⁴; B için %84 kimlik, %98 sorgu kapsamı, E=10⁻⁶⁰ ölçülüyor.

G1. A'nın bütün gen açısından daha yakın olduğu kesin midir?

G2. E=10⁻⁶⁰ ifadesi ne anlama gelir?

G3. İki diziyi 'yüzde 84 homolog' diye adlandırmak neden uygun değildir?

Vaka H — Hemoglobinde afinite ve taşıma kapasitesi

A örneğinde P50=26 mmHg; B örneğinde P50=32 mmHg. Her iki örnek için pH, sıcaklık ve CO₂ koşulları aynıdır.

H1. Hangi örneğin O₂ afinitesi daha düşüktür?

H2. B'nin toplam oksijen taşıma kapasitesi daha yüksek midir?

H3. CO₂ artışı ve pH düşüşünün erişkin Hb eğrisini sağa kaydırması hangi etkiyle ilişkilidir?

Kaynak yaklaşımı: Mekanizmalar açık erişimli biyoloji ders kaynakları ve IBO'nun resmî sınav yaklaşımı temel alınarak özgün biçimde anlatılmıştır; hiçbir gerçek sınav sorusu birebir çoğaltılmamıştır. https://www.ibo-info.org/en/contest/participation.html

Veri niteliği: Bütün tablolar ve sayısal değerler ders çalışması için oluşturulmuş sentetik verilerdir. Gerçek bir IBO sınavından veya bilimsel makaleden aktarılmamıştır. Modellerin geçerlilik varsayımları her vakada belirtilmiştir.

Vaka I — Reseptör doluluğu ile hücresel yanıt aynı mıdır?

Bir hücre dizisinde R reseptörüne bağlanan L ligandının Kd değeri 5 nM'dir. Tek bağlanma bölgeli denge modeli kabul edilmiştir ve [L] serbest ligand derişimidir. Reseptör etkinleştirildiğinde ERK fosforilasyonu ölçülür.

I1. Modelden [L]=10 nM için θ'yi hesaplayınız.

I2. [L]=5 nM'de doluluk %50 iken yanıt neden maksimumun yaklaşık yarısı olmak zorunda değildir?

I3. MEK inhibitörünün etkisi hakkında en güçlü yorum nedir?

I4. Reseptör miktarı iki katına çıkarsa aynı ligand derişiminde θ otomatik iki katına çıkar mı?

Vaka J — RNA izoform oranı ve protein miktarı nasıl ayrıştırılır?

Bir genin kaset eksonu için iki koşulda birleşim okumaları ölçülmüştür. Tablodaki dahil etme sayısı, dahil eden izoformun iki birleşimi için etkin uzunluğa göre düzeltilmiş desteği temsil eder. Basit oran hesabında iki izoformun okuma fırsatları karşılaştırılabilir kabul edilir.

J1. Basitleştirilmiş PSI değerlerini hesaplayınız.

J2. Aynı toplam mRNA bolluğu protein azalmasıyla çelişir mi?

J3. 91 nükleotitlik kodlayan ekson tamamen atlanırsa temel sonuç ne olur?

J4. İki grupta dizileme kapsamı aynı olsa bile biyolojik tekrar sayısı neden bundan çıkarılamaz?

Vaka K — Besin kaynağı değişimi ve ATP eşdeğerleri

Serbest palmitatın tam oksidasyonu için ideal bir mitokondriyal enerji bilançosu kuruluyor. Hesapta NADH başına yaklaşık 2,5 ATP ve FADH₂ eşdeğeri başına yaklaşık 1,5 ATP kabul edilsin. İzole mitokondriyle yapılacak deneyde substratın uygun taşıma ve etkinleştirme koşullarında verilmesi gerekir.

K1. Bir palmitat (C16:0) molekülünün β-oksidasyon döngüsü ve asetil-CoA ürün sayısı nedir?

K2. TCA ürünleriyle toplam teorik ATP eşdeğerini, aktivasyon maliyeti 2 ATP eşdeğeri kabul ederek bulunuz.

K3. Gerçek ölçümün 106 mol ATP/mol palmitat düzeyinden düşük olması bir hata mı gösterir?

K4. Uzun zincirli yağ asidi kullanımını bloke eden fakat pirüvat kullanımını etkilemeyen deney, hangi basamağı düşündürür?

Vaka L — Bitkide ABA yanıtı ve nedensel çıkarım

Yabani tip ve ABA sinyali zayıflamış mutant yapraklarda aynı ışık, CO₂ ve buhar basıncı açığı koşulları kurulmuştur. 30 dakika kuraklık uyarısı öncesi ve sonrası stomatal iletkenlik (mmol m⁻² s⁻¹) ölçülmüştür. Su durumunun genotipler arasında karşılaştırılabilmesi için yaprak su potansiyeli ayrıca ölçülmelidir.

L1. Yabani tipin yüzde azalışı nedir?

L2. Mutantın yüzde azalışı nedir?

L3. Mutantın ABA algılamasının tamamen ortadan kalktığı kesin mi?

L4. Kuraklık uygulaması olmadan ABA damlatılması hangi soruyu test eder?

Vaka M — Aynı dakika ventilasyonu, farklı alveoler ventilasyon

İki solunum düzeninde ölü boşluk VD=150 mL kabul edilsin.

M1. Her düzenin dakika ventilasyonu kaçtır?

M2. Her düzenin alveoler ventilasyonunu hesaplayınız.

M3. A'dan B'ye geçişte alveoler ventilasyon yüzde kaç düşer?

M4. VE eşit olduğuna göre arteriyel CO₂ parsiyel basınçları kesin eşit midir?

Vaka N — Kalp debisi ve Fick ilkesini birleştirme

Deneyde kalp hızı 72/dk, diyastol sonu hacim 130 mL, sistol sonu hacim 60 mL; arteriyel O₂ içeriği 190 mL/L, karışık venöz O₂ içeriği 145 mL/L ölçülmüştür.

N1. Atım hacmi ve kalp debisi nedir?

N2. Fick ilkesine göre O₂ tüketimi kaç mL/dk?

N3. Arteriyel O₂ içeriğini sabit tutup venöz içeriği 125 mL/L'ye düşürürsek, kalp debisi sabit varsayıldığında O₂ tüketimi kaç olur?

N4. Bu fark yalnız kalp kasının kuvvetinin arttığını kanıtlar mı?

Vaka O — Ekolojik enerji bütçesinde üç farklı verim

Bir otçul popülasyon belirli sürede 6000 kJ besin tüketmiş, bunun 1800 kJ'sini asimile etmiş ve 1350 kJ'sini solunumda kullanmıştır; diğer kayıpların ihmal edildiği idealize koşullar olsun.

O1. Asimilasyon verimi nedir?

O2. Net ikincil üretim nedir?

O3. Asimile enerjinin üretime ayrılan payı nedir?

O4. Tüketilen enerjinin üretime dönüşen payı nedir?

Vaka P — Kalıtılabilirlik ve çevre değişiminin yanıltıcı yorumu

Bir popülasyonda başlangıç ortalama boyu 30 cm, seçilen ebeveyn ortalaması 36 cm, dar anlamda kalıtılabilirlik h²=0,4'tür. Bir sonraki kuşak aynı ortamda yetiştirilecek diye varsayılıyor.

P1. Seçilim farkını hesaplayınız.

P2. Breeder eşitliğiyle yanıtı bulunuz.

P3. Beklenen yeni ortalama nedir?

P4. Yeni kuşak daha iyi besin koşullarında yetiştirilip 35 cm ölçülürse genetik yanıtın 5 cm olduğu kesin midir?

Vaka 17 — Ozmolarite eşitken hücre neden şişer? (Ders 49–50)

Daha önce izotonik bir ortamda tutulan membran vezikülleri, toplam ozmolariteleri benzer olan iki farklı çözeltiye aktarılıyor. Vezikül zarı suya yüksek geçirgen, X'e yüksek geçirgen, Y'ye ise ilk 10 dakika boyunca ihmal edilebilir geçirgenlikte. Vezikülün içinde başlangıçta 300 mOsm/L geçirgen olmayan çözünen var.

17.1. Başlangıç ozmolariteleri eşit olduğu hâlde beşinci dakikadaki hacim farkını hangi değişken açıklar? A) X'in molekül ağırlığı B) Zarın X'e göre geçirgenliği C) Çözeltinin rengi D) Saat E) Vezikülün hücre çekirdeği.

17.2. A çözeltisi sonrasında 5. dakikadaki hacim artışının tek nedeni mutlaka ozmotik yük farkı mıdır? A) Evet, diğer nedenler fiziksel olarak imkânsız B) Hayır; membran geçirgenliği değişimi ve vezikül alt popülasyonları da incelenmeli C) Yalnız pH D) Yalnız lipid kalınlığı E) Çekirdek sayısı.

17.3. Y'nin zara geçirgenliğini artıran seçici taşıyıcı eklenirse ilk 5 dakika için en iyi öngörü hangisidir? A) B'nin hacim yanıtı değişebilir B) A hiç etkilenmez ve B kesin patlar C) B'nin hacmi zorunlu küçülür D) Toplam dış ozmolarite sıfırlanır E) X yok olur.

Vaka 18 — PBP değişimi mi, β-laktamaz mı? (Ders 51)

Aynı türün üç izogenik suşunda β-laktam X için standart koşullarda MIC belirleniyor. Sadece varsayılan genetik değişimler farklı. Birlikte verilen biyokimyasal ölçümlerin birimi bağıl birimdir.

18.1. M1 için hangi mekanizma daha güçlü adaydır? A) Hedef proteinin ilaçla etkileşiminin azalması B) Yalnız β-laktamaz artışı C) Hücrenin mutlaka çekirdekli oluşu D) Metabolizmanın durması E) İlaç toksisitesinin kaybolması.

18.2. M2'de bir β-laktamaz inhibitörü eklendikten sonra MIC 16'dan 1'e düşüyor. En uygun çıkarım? A) Bütün direnç mekanizmaları kalkmıştır B) β-laktamaz, M2 fenotipine önemli katkı sağlıyor olabilir C) PBP hiç bulunmaz D) MIC öldürme oranıdır E) İlaç her bakteride eşit etkilidir.

18.3. M1'in MIC'si WT'ye kıyasla kaç kat yüksektir? A) 2 B) 4 C) 8 D) 16 E) 32.

Vaka 19 — Alel sürüklenmesini tek popülasyondan okumak (Ders 55)

Başlangıç alel frekansı p=0,5 olan birbirinden bağımsız ideal diploid simülasyon popülasyonları aynı sayıda kuşak izleniyor.

19.1. Hangi eğilim idealleştirilmiş örnekleme modeliyle uyumludur? A) Küçük Ne'de frekans dağılımı daha geniş olabilir B) Küçük Ne'de tüm frekanslar sabit kalır C) Büyük Ne'de alel zorunlu kaybolur D) Ne alel dağılımını etkilemez E) Tek kuşakta her alel sabitlenir.

19.2. p=0,5 için Ne=25 grubunda tek kuşaklık ideal drift varyansı kaçtır? A) 0,0005 B) 0,002 C) 0,005 D) 0,05 E) 0,25.

19.3. A grubundaki bir popülasyonda p=0,72 görülmesi 'bu alel kesin üstün' sonucunu destekler mi? A) Evet B) Hayır; rastgele sürüklenme olasıdır ve seçilim için ek veri gerekir C) Ancak p>0,9 ise D) Yalnız B popülasyonlarına bakılırsa E) Her yüksek frekans mutasyondur.

Vaka 20 — ABA, CO₂ kazanımı ve stomal iletkenlik (Ders 58)

Kontrol ve iki ABA dozu aynı ışık, yaprak sıcaklığı, ortam CO₂ derişimi ve yaprak–hava buhar basıncı açığında karşılaştırılıyor. ABA çözücüyle verilmişse kontrol aynı çözücüyü içeriyor. Anlık gaz değişimi ve iletkenlik ölçümleri sentetiktir.

20.1. Kontrolden düşük doz ABA'ya geçince anlık su kullanım etkinliği (A/E; µmol CO₂ / mmol H₂O) yaklaşık nasıl değişir? A) 4'ten 5,33'e yükselir B) 4'ten 3'e düşer C) 20'den 16'ya düşer D) Değişmez E) 0 olur.

20.2. Tablodaki ölçümlerin doğrudan desteklemediği iddia hangisidir? A) Stomal iletkenlik ABA uygulamasıyla azalmıştır B) Net CO₂ kazanımı yüksek ABA koşulunda düşmüştür C) Transpirasyon yüksek ABA koşulunda azalmıştır D) Net CO₂ kazanımındaki düşüşün tek nedeni stomal kapanmadır E) Düşük ABA koşulunda A/E oranı kontrolden yüksektir.

20.3. Su buharına yönelik stoma iletkenliğinin düşmesi mutlaka ABA reseptörünün daha çok bulunmasından mı kaynaklanır? A) Evet B) Hayır, sinyal iletimi ve çevre koşulları gibi ek süreçler etkilidir C) Sadece klorofil D) Sadece azot fiksasyonu E) Sadece damar sayısı.

Vaka 21 — Kan akımı, damar yarıçapı ve oksijen sunumu (Ders 61)

Rijit silindirik damar, laminer ve Newtonyen akım varsayımı altında iki koşul karşılaştırılıyor. Damar uzunluğu, akışkan viskozitesi ve basınç farkı sabit.

21.1. B'de direnç kaç kat olur? A) 2 B) 4 C) 8 D) 16 E) 32.

21.2. Aynı basınç farkında B'nin akımı A'ya göre hangi değerdedir? A) 16 B) 4 C) 1 D) 1/4 E) 1/16.

21.3. Oksijen sunumunu yalnız Q'dan belirlemek yeterli midir? A) Evet B) Hayır; arteriyel oksijen içeriği de gerekir C) Yalnız sıvı sıcaklığı D) Kan tipi hiç etkili olamaz E) Yalnız kalp atım hızı gerekir.

Vaka 22 — Besin arama zamanı ve seyahat maliyeti (Ders 67)

Bir hayvanın bir yamada zaman t dakika kaldığında aldığı toplam enerji G(t)=12t/(t+3) birim olsun. Yama değişimi için sabit yolculuk süresi T vardır. Ortalama hız G(t)/(t+T) ile hesaplanır.

22.1. T=3 için tabloda en yüksek değer hangi sürededir? A) 1 B) 3 C) 6 D) 9 E) Hepsi eşit.

22.2. T yükselirken diğer özellikler sabit kalırsa ideal marjinal değer teoremi hangi eğilimi önerir? A) Yamadan daha erken ayrılma B) Yamada daha uzun kalma C) Besin değerinin yok olması D) Zamanın etkisiz olması E) Kesin aynı süre.

22.3. Sonuçtan hangisi tek başına çıkarılamaz? A) Modelde seçilen optimal kalış süreleri vardır B) Enerji kazancı zamanla yavaşlar C) Gerçek hayvanlar bu modelin optimumuna mutlaka uyar D) T, ortalama hızı etkiler E) Enerji kazanım fonksiyonu doygunlaşır.

Vaka 23 — İki toplulukta zenginlik, Shannon ve Jaccard (Ders 69)

Türlerin birey sayıları iki alanda şu biçimde ölçülsün. Her alanın toplam gözlenen birey sayısı eşittir.

23.1. Tür zenginliği için hangisi doğrudur? A) A daha yüksek B) B daha yüksek C) Her ikisi dört D) B'de tür yok E) Hesaplanamaz.

23.2. Shannon çeşitlilik indisi hangi alanda daha büyüktür? A) A B) B C) Eşit D) H′ iki alanda sıfırdır E) Sadece toplam birey sayısına bağlıdır.

23.3. İki alanın gözlenen tür listeleri tümüyle aynıysa Jaccard benzerliği nedir? A) 0 B) 0,25 C) 0,5 D) 0,75 E) 1.

Vaka 24 — Sahte tekrar ve faktöriyel tasarım (Ders 72)

Araştırmada A ve B genotipleri ile normal ve yüksek sıcaklık karşılaştırılıyor. Her hücre grubunda 3 bağımsız petri kabı bulunuyor ve her kaptan 30 hücre ölçülüyor. Sıcaklık her kaba bağımsız atanmış ve uygulanmıştır. Tüm yüksek sıcaklık kapları tek bir inkübatörde tutulmuş olsaydı inkübatör koşulu sıcaklıkla karışabilirdi.

24.1. Toplam bağımsız deneysel birim sayısı kaçtır? A) 4 B) 12 C) 30 D) 90 E) 360.

24.2. Kap ortalamalarına göre yüksek ve normal sıcaklık arasındaki fark genotipe göre değişiyor mu? A) Hayır, tüm gruplar aynı B) Evet, A yaklaşık +4; B yaklaşık +1 değişiyor C) A−4 B−1 D) Yalnız B etkileniyor E) Verilerde sıcaklık yok.

24.3. İki yönlü modelde hangi terim genotipe göre sıcaklığın etkisinin farklı olup olmadığını test eder? A) Sabit terim B) Genotip ana etkisi C) Sıcaklık ana etkisi D) Genotip × sıcaklık etkileşimi E) Ölçüm birimi.

Vaka 25 — Protein katlanması, sıcaklık ve şaperon (Ders 73–74)

Saflaştırılmış Z proteininin katlanmış (N) ve açılmış (U) dağılımları ölçülüyor. İlk analiz, dengeye ulaşıldığını ve yalnız iki durum bulunduğunu varsayan N⇌U modeline dayanıyor. Deneyde bu varsayımı sınamak için N ve U bakımından zengin iki başlangıç örneğinin aynı dağılıma ulaşıp ulaşmadığı izlenebilir. Deneyler aynı pH ve iyonik güçte; şaperon deneyi ayrı canlı hücre sisteminde yapılmıştır.

25.1. 300 K'de katlanmış protein yüzdesi kaçtır? A) %10 B) %40 C) %60 D) %90 E) %99.

25.2. 310 K'de katlanmış fraksiyon kaçtır? A) %20 B) %40 C) %50 D) %60 E) %80.

25.3. Şaperon kaybı hücrelerinde çözünür proteinin azalmasını açıklamak için hangisi gereklidir? A) Yalnız toplam proteinin eşit olması yeterlidir B) Çözünmez fraksiyon, yıkım ve sentez akıları ayrı ölçülmelidir C) Şaperon doğrudan DNA polimerazdır D) Her çözünmez protein mutlaka toksiktir E) Katlanma dengesi canlıda kesin 9:1'dir.

Vaka 26 — FRAP ve hareketli kargo birbirine karıştırılır mı? (Ders 75–76)

Aynı mikroskopta iki farklı membran proteini için FRAP uygulanıyor. Ağartma bölgesinin karakteristik yarıçapı w=2 µm'dir. Basit modele göre D≈w²/(4t). Ayrı bir canlı hücre izleme deneyinde vezikülün yolağının toplam uzunluğu ve net yer değiştirmesi ölçülüyor.

26.1. Mutantın görünür difüzyon katsayısı basit modelde kaç µm²/s'dir? A) 0,05 B) 0,10 C) 0,20 D) 0,40 E) 2,00.

26.2. Kontrol kargonun net hız büyüklüğü kaç µm/s'dir? A) 0,2 B) 0,4 C) 0,8 D) 1,2 E) 2,0.

26.3. İki örnekte toparlanma platosunun %80 olmasının en iyi yorumu? A) Görünür hareketli fraksiyonlar benzer olabilir B) Toparlanma hızları eşittir C) Motor proteinleri eşittir D) D kesin eşittir E) Membranlar tamamen katıdır.

Vaka 27 — Telomer uzunluğu ve tek hücre örneklemindeki sahte tekrar (Ders 78–79)

İki bağımsız doku donör grubu, her grupta üçer birey içerir. Her bireyden 2.000 hücrenin RNA profili ölçülüyor. Aynı donörlerden alınan eşit büyüklükteki bir başka hücre örnekleminde, tek hücre çözünürlüklü ayrı bir telomer ölçümü yapılıyor. Bu sentetik örnekte, ölçülebilen uçlarından en az biri 2 kb’den kısa olan hücre “kısa telomerli” olarak sınıflandırılmıştır.

27.1. Gruplar arası biyolojik bağımsızlık için ilk analizde hangi n kullanılmalıdır? A) 3 birey/grup B) 6000 birey/grup C) 12.000 bağımsız birey D) Her okuma bağımsız hayvan E) Her gen bağımsız doku.

27.2. Ortalama telomer uzunlukları eşitken kısa telomer taşıyan hücre oranlarının farklı olması neyi gösterir? A) Dağılımlar farklı olabilir B) Her hücrenin telomeri 5 kb'dir C) Telomeraz etkinliği kesin eşittir D) A'da kesin daha çok apoptoz vardır E) Kısa telomerler RNA'dır.

27.3. A grubunda telomer ölçümü yapılan 6.000 hücreden yaklaşık kaçı kısa telomerli olarak sınıflandırılmıştır? A) 60 B) 300 C) 600 D) 1800 E) 3000.

Vaka 28 — PSII floresansı ve fotosentetik verim (Ders 84)

Karanlığa adapte edilmiş iki örnekte F₀ ve Fₘ; sabit ışık altında ayrıca Fₛ ve Fₘ′ ölçülüyor. Yaprak başına ortalamalar gösterilmiştir. Kullanılan basit tanımlar: Fᵥ/Fₘ=(Fₘ−F₀)/Fₘ, ΦPSII=(Fₘ′−Fₛ)/Fₘ′.

28.1. A için Fᵥ/Fₘ kaçtır? A) 0,20 B) 0,40 C) 0,60 D) 0,80 E) 1,00.

28.2. B için ΦPSII kaçtır? A) 0,10 B) 0,20 C) 0,30 D) 0,50 E) 0,80.

28.3. Hangi ek bilgi net CO₂ asimilasyon farkını açıklamak için özellikle gerekir? A) Gaz değişimi, ışık ve stoma iletkenliği ölçümleri B) Yalnız F₀ C) Yalnız yaprak rengi D) Yalnız bitkinin adı E) Yalnız Fₘ.

Vaka 29 — Nodülde azot bağlama ve polen seçim bariyeri (Ders 85–86)

İki ayrı deney aynı türde değil, karşılaştırmalı öğretim amacıyla bir arada verilmiştir.

Deney I: Baklagil nodüllerine ¹⁵N₂ izotopu veriliyor; 3 saat sonra yeni biyokütleye katılan işaretli N atomu miktarları ölçülüyor.

Deney II: İki polen kaynağıyla çaprazlamalar yapılıyor.

29.1. A'nın ortalama N atomu katılım hızı kaç µmol/saat? A) 0,1 B) 0,2 C) 0,3 D) 0,6 E) 0,9.

29.2. Nodül sayıları eşitken yeni biyokütleye işaretli azot katılım hızları eşit midir? A) Hayır, etiket katılım hızları farklıdır B) Evet, her zaman C) Yalnız bitkilerde D) Her ikisi sıfırdır E) ¹⁵N azot değildir.

29.3. X×Y'nin düşük tohum başarısının yalnız polen çimlenmesiyle açıklanması neden yetersiz? A) Çimlenme oranları eşittir; sonraki basamaklara bakmak gerekir B) X×Y hiç polen üretmez C) X×Z çimlenemez D) Her iki çaprazda tohum oranı aynıdır E) Polen tüpü yoktur.

Vaka 30 — Su bilançosu ve mikrobiyal karbon (Ders 87–88)

A: Deniz balığında bir saatte bağırsaktan 9 mL su emilir, solungaç/deri net kaybı 5 mL, idrar kaybı 2 mL'dir. Başka su kaynak ve kayıpları sıfır varsayılmıştır.

B: Rumen ürünleri bir saat içinde aşağıdaki gibidir:

30.1. Balığın net su değişimi kaç mL/saat? A) −2 B) 0 C) +1 D) +2 E) +9.

30.2. Propiyonatın toplam uçucu yağ asitleri içindeki mol yüzdesi kaçtır? A) %10 B) %20 C) %30 D) %40 E) %60.

30.3. Ölçülen üç ürünle temsil edilen toplam karbon miktarı kaç mmol C/saat? A) 20 B) 40 C) 52 D) 60 E) 72.

Vaka 31 — T hücresi işlevi ve reseptör doygunluğu (Ders 89–90)

Aynı koşullarda iki CD8⁺ T hücresi popülasyonundan 10.000'er hücre analiz ediliyor.

Ayrı bir reseptör bağlanma deneyi, dengede tek sınıf bağımsız bağlanma bölgeleri varsayıyor. Kd=10 nM, serbest ligand derişimi [L]=30 nM.

31.1. A grubundaki antijene özgü hücreler içinde sitokin pozitiflerin oranı? A) %1,2 B) %2 C) %30 D) %60 E) %80.

31.2. Hangi yorum güvenilirdir? A) İki grupta antijen özgüllük frekansı benzer ama işlevsel yanıt farklıdır B) B'de antijen özgül T hücresi yoktur C) B'nin MHC-I'i kesin yoktur D) A'nın antikor sayısı 2 kat fazladır E) B'de tüm hücreler ölüdür.

31.3. Verilen modelde reseptör doluluğu kaçtır? A) %10 B) %25 C) %50 D) %75 E) %100.

Vaka 32 — Metapopülasyon, algılanabilirlik ve temel oran (Ders 94–96)

Bir metapopülasyonda ideal Levins modelinin parametreleri c=0,25/yıl ve e=0,10/yıl kabul ediliyor. Başka bir türün varlık–yokluk taramasında duyarlılık %90, özgüllük %95, gerçek prevalans %1'dir. Habitat gözleminde bir ziyaret için algılama olasılığı %60, ziyaretler bağımsızdır.

32.1. Levins modelinde pozitif kararlı doluluk oranı? A) %10 B) %25 C) %40 D) %60 E) %90.

32.2. Tür var olduğu hâlde ardışık üç ziyarette hiç gözlenmeme olasılığı? A) %0,4 B) %6,4 C) %16 D) %40 E) %60.

32.3. Tarama pozitiflerinin gerçekten türün varlığına karşılık gelme olasılığı PPV yaklaşık kaçtır? A) %1,0 B) %15,4 C) %50 D) %90 E) %95.

Vaka 33 — Protein saflaştırma verimliliği ve enzim aktivitesi (Ders 97)

Aynı sıcaklık, pH ve doygun substrat derişiminde iki saflaştırma basamağının verileri ölçülüyor.

33.1. Son basamağın başlangıca göre saflaştırma katsayısı kaçtır? A) 4 B) 8 C) 12,5 D) 25 E) 50.

33.2. Son basamağın başlangıca göre toplam etkinlik verimi kaçtır? A) %20 B) %40 C) %50 D) %80 E) %100.

33.3. Tablodaki ölçümler hangi iddiayı tek başına doğrulamaz? A) Son fraksiyonun mg protein başına etkinliği ham lizattakinden yüksektir B) En çok toplam protein ham lizattadır C) Toplam etkinlik adımlar boyunca azalır D) Son fraksiyon yalnız hedef proteinden oluşur E) İyon değişim basamağında 32 U/mg özgül etkinlik ölçülmüştür.

Vaka 34 — DNA çatalı ile sekresyon kusurunu ayırmak (Ders 98–99)

İki ayrı deney aynı hücre hattının kontrol ve mutant gruplarında yürütülmüştür. DNA işaretleme süresi 20 dk'dır. Pulse–chase deneyinde 40 dk sonunda ortama çıkan işaretli kargo yüzdesi ölçülmüştür.

34.1. Mutant DNA çatalının görünür hızı kaç kb/dk'dır? A) 0,4 B) 0,6 C) 0,8 D) 1,2 E) 1,6.

34.2. Mutantta ortama çıkan kargo miktarı kontrolün kaçta kaçıdır? A) 1/4 B) 1/3 C) 1/2 D) 2/3 E) 3/4.

34.3. Birlikte verilen iki deney hangi kesin sonucu sağlamaz? A) Mutantta daha kısa lif izi ölçülmüştür B) Mutantta daha az kargo dışarı çıkmıştır C) Sentezlenen toplam kargo eşit ölçülmüştür D) Mutasyonun tek ve doğrudan hedefi SNARE kompleksidir E) Veriler başka moleküler testlere yön verebilir.

Vaka 35 — Mayotik tetradlar ve alel ayrılması (Ders 100)

100 bağımsız tetrad iki bağlı lokus bakımından sınıflandırılıyor. Perkins hesaplaması: cM =100×(TT/2+3NPD)/T.

35.1. Perkins yaklaşımıyla genetik harita mesafesi kaç cM'dir? A) 15 B) 18 C) 24 D) 33 E) 48.

35.2. Tek bir tetradda belirli işaret lokusunun ürünlerinde 3:1 allel dağılımı görülürse hangi olasılık en doğrudur? A) Mutlaka diploit birey oluşmuştur B) Gen dönüşümü veya başka ayrılma sapması araştırılır C) Mayoz yapılmamıştır D) Her kromozomda üç kopya vardır E) Tüm genom 3:1 ayrılmıştır.

35.3. Tablodaki veriler hakkında hangi ifade yanlıştır? A) PD sayısı 64'tür B) PD toplamın %64'üdür C) Toplam 100 tetrad vardır D) Harita uzaklığı kesin 0 cM'dir E) TT sınıfında 30 tetrad vardır.

Vaka 36 — Rubisco, net gaz değişimi ve ksilem embolisi (Ders 108–109)

İki bitki grubunda ışık ve sıcaklık sabit. Basitleştirilmiş CO₂ bilançosunda brüt karboksilasyon, fotorespirasyonla ilişkili kayıp ve diğer solunum kaynaklı kayıp ayrı ölçülüyor. Ksilem iletkenliği aynı bitkilerden alınan bir dalda ölçülmüştür.

CO₂ akıları µmol m⁻² s⁻¹; iletkenlikler karşılaştırılabilir bağıl birimdir.

36.1. Grup B için basitleştirilmiş net CO₂ kazanımı kaçtır? A) 8 B) 10 C) 12 D) 14 E) 18.

36.2. B grubunda yüzde iletkenlik kaybı (PLC) kaçtır? A) %25 B) %40 C) %50 D) %60 E) %75.

36.3. Bu veriler hangisini zorunlu olarak göstermez? A) B'de daha fazla CO₂ kaybı ölçüldüğünü B) B'de daha yüksek PLC bulunduğunu C) A'nın net CO₂ kazanımının 14 olduğunu D) B'de daha düşük net karbon kazancı olduğunu E) B'deki değişimin tek nedeninin stomatal açıklık olduğunu.

Vaka 37 — MHC allel sıklığı ve tanısal test olasılığı (Ders 116 ve 96)

Bir popülasyonda tek biallelik lokus için p(A)=0,70 ve q(B)=0,30; Hardy–Weinberg denge koşulları örnek amaçlı kabul ediliyor. Aynı popülasyonda ayrı bir tanısal testin duyarlılığı %90, özgüllüğü %95, hedef prevalansı %2'dir.

37.1. Bu lokusta beklenen heterozigot sıklığı nedir? A) 0,09 B) 0,21 C) 0,42 D) 0,49 E) 0,70.

37.2. 10.000 kişide hedef durumu gerçekten taşıyan bireylerin beklenen sayısı kaçtır? A) 20 B) 100 C) 180 D) 200 E) 500.

37.3. 10.000 kişinin tamamı test edilirse PPV yaklaşık kaçtır? A) %2 B) %15,4 C) %26,9 D) %50 E) %90.

Vaka 38 — Dolaşım debisi ve fosfat atılımını birlikte okuma (Ders 113–114)

Dolaşımda CO=HR×SV; oksijen tüketiminde V̇O₂=CO×(CaO₂−CvO₂). Ayrı bir kuramsal böbrek modelinde günlük süzülen fosfat yükü aynı, geri emilim oranları farklıdır. Fosfat değerleri hesaplama alıştırması için seçilmiştir.

38.1. A koşulunda kalp debisi kaç L/dk'dır? A) 4 B) 5 C) 6 D) 7 E) 10.

38.2. B koşulundaki O₂ tüketimi kaç mL/dk'dır? A) 120 B) 240 C) 280 D) 360 E) 600.

38.3. B koşulunda günlük idrar fosfatı, basit geri emilim modelinde kaç mmol'dür? A) 50 B) 100 C) 150 D) 200 E) 400.

Vaka 39 — Ardıllık, çeşitlilik ve bulaşma eşiği (Ders 117–119)

İki arazi grubunda türlerin göreli bollukları kaydediliyor; ayrıca basit bir homojen karışımlı bulaşma modeli için β ve γ parametreleri veriliyor.

39.1. Shannon indisine (H = −Σpᵢ ln pᵢ) göre hangi alan daha yüksek çeşitlilik gösterir? A) Y B) X C) Eşit D) Veriden hiçbir şey hesaplanamaz E) Yalnız β belirler.

39.2. Basit β/γ oranına göre X'in R₀ değeri kaçtır? A) 0,5 B) 1,0 C) 1,2 D) 2,0 E) 4,0.

39.3. Veriler hangi iddiayı desteklemez? A) X daha eşit tür dağılımı gösterir B) Y'de baskın türün payı %70'tir C) X'in tür zenginliği 4'tür D) Y'de β/γ=1,2'dir E) Çeşitliliğin farklı olmasının kesin nedeni bulaşma katsayısıdır.

Vaka 40 — IBO laboratuvarının birleşik ölçümü (Ders 120)

Mikroskobun 40× objektifinde 8 oküler bölüm 20 µm'dir. Bir hücre 16 bölüm uzunluğunda görülüyor. Ayrı bir enzim deneyinde ürün için ε=6.220 M⁻¹cm⁻¹, optik yol l=1 cm, kör düzeltmeli başlangıç eğimi ΔA/dk=0,1866 ve reaksiyon hacmi 2 mL. Başka bir analizde aynı kültürden 30 görüntü toplanmıştır.

40.1. Hücrenin gerçek uzunluğu kaç µm'dir? A) 20 B) 30 C) 40 D) 80 E) 320.

40.2. Ürün oluşumunun toplam hızı kaç µmol/dk'dır? A) 0,003 B) 0,030 C) 0,060 D) 0,300 E) 0,600.

40.3. Aynı kültürden alınan 30 mikroskop görüntüsü için en savunulabilir yaklaşım hangisidir? A) 30 bağımsız biyolojik kültür kabul etmek B) 30 bağımsız tür kabul etmek C) Verileri atmak D) Kültür düzeyini biyolojik birim, görüntüleri alt ölçüm olarak dikkate almak E) Görüntüleri rastgele şekilde 30 genotipe bölmek.